Миндаль содержит амигдалин — цианогенный гликозид, который превращается в цианид при пережёвывании и переваривании.

Сырой миндаль содержит амигдалин — цианогенный гликозид, который при пережёвывании и переваривании расщепляется ферментом бета-глюкозидазой в желудке на синильную кислоту (цианистый водород). В одном грамме сырого миндаля может содержаться до 4,5 мг амигдалина, что делает этот факт важным для пищевой безопасности. Однако летальная доза цианида для человека составляет 50–100 мг, поэтому смертельно опасно употребить примерно 40–60 ядер сырого миндаля за один раз. На практике такой сценарий маловероятен: человеческий организм обладает собственной защитной системой детоксикации, включающей фермент родданезу, которая частично нейтрализует поступивший цианид. Это явление не уникально для миндаля. Амигдалин встречается во многих косточковых плодах — абрикосах, персиках, сливах — и является частью естественной защиты растений от насекомых-вредителей. Аналогичные цианогенные соединения найдены в кассаве, бамбуке и некоторых видах клевера, что делает проблему детоксикации пищи широко распространённой в сельском хозяйстве. Обработка теплом эффективно решает эту проблему. Обжарка миндаля при температуре 100°C и выше разрушает амигдалин на 90%, практически полностью устраняя риск. Пастеризация при 65°C также значительно снижает содержание токсичного соединения. Этот метод широко используется в пищевой промышленности — коммерческий миндаль, продаваемый в магазинах, практически всегда подвергается термической обработке.